Erasmus MC overschrijdt doel met overweldigende 320 verzamelde samples voor validatiecohort

In een opmerkelijke prestatie heeft het Erasmus MC voor het Health~Holland project “Early stage melanoma: who is at risk for distant metastasis?”, zijn oorspronkelijke doel van 200 melanoom samples voor een validatiecohort ruimschoots overtroffen met een indrukwekkende 320 verzamelde samples.  Dit komt bovenop de 448 samples die al waren verzameld voor de discovery fase van het project. Dit zijn ook al bijna 100 extra samples dan de 350 samples in het projectvoorstel. Deze onverwachte ontwikkeling biedt nieuwe mogelijkheden voor geavanceerd onderzoek, waarbij het Erasmus MC een predictiemodel ontwikkelt voor het identificeren van patiënten met een hoog-risico melanoom in een vroeg stadium. Om deze kans te grijpen, heeft SkylineDx extra financiering beschikbaar gesteld om ook het RNA van deze extra samples van het validatiecohort te sequencen.

KWF ondersteunt vervolgonderzoek

In 2020 heeft KWF al het vervolgonderzoek gefinancieerd, waarbij ze onderzoeksgeld beschikbaar hebben gesteld om van de verzamelde materialen ook het DNA te onderzoeken, de histopathologische coupes met kunstmatige intelligentie technieken te analyseren en deze gegevens te combineren met de verzamelde data uit het Health~Holland project (RNAseq data en multiplex immuunfluorescentie) om middels data integratie een nog beter voorspel model te ontwikkelen voor het ontstaan van uitzaaiingen.

Roche Diagnostics ondersteunt onderzoek

Daarnaast heeft Erasmus MC reden tot vreugde met betrekking tot hun financieringsverzoek bij Health~Holland. Aanvankelijk hadden ze financiering aangevraagd voor het onderzoeken van 2 multiplex immuunfluorescentie panels bij een beperkt aantal samples (n=50) in de discovery fase en 200 samples voor de validatie van de beste markers, vanwege de hoge kosten van deze techniek. Tijdens de studie heeft het Erasmus MC met succes Roche Diagnostics benaderd voor kosteloze levering van materialen. Het resultaat is een ondertekend contract met Roche Diagnostics om niet alleen 50 samples, zoals oorspronkelijk aangevraagd, maar alle 448 samples van het discovery cohort te onderzoeken met 2 panels. Bovendien zullen alle 320 samples van het validatiecohort worden gebruikt om de beste markers te valideren. Indien er veelbelovende resultaten zijn, heeft Roche Diagnostics ook de intentie uitgesproken om een samenwerkingsverband aan te gaan voor verdere onderzoeksovereenkomsten, met als uiteindelijk doel de ontwikkeling van een klinisch toepasbare test.

Grote dataverzamelingen mogelijk dankzij partners

Op de afbeeldingen zijn de 'sorteerdagen' te zien, waarbij bijna 18.000 histologische coupes werden gesorteerd door het toegewijde team. Op de foto staan (van links naar rechts): Thamila Kerkour (PhD-kandidaat KWF project), Loes Hollestein (projectleider), Catherine Zhou (PhD-kandidaat van de Health~Holland studie) en Jasper Ouwerkerk (PhD-kandidaat KWF project).. De indrukwekkende inzet van het team benadrukt de noodzaak van zorgvuldige organisatie om de overvloed aan verzameld materiaal effectief te beheren voor diverse experimenten. Deze grote verzameling van tumor materialen is mogelijk, doordat de Nederlande Kankerregistratie (NKR), het Pathologisch Anatomisch Geautomatiseerd Landelijk Archief (PALGA), en alle pathologie laboratoria in Nederland samen een goede organisatorische structuur bieden via de PALGA portal voor het gebruik van diagnostisch restmateriaal voor wetenschappelijk onderzoek.

Veelbelovende toekomst

Met deze recente ontwikkelingen zetten het Erasmus MC, SkylineDx, Roche Diagnostics, KWF en Health~Holland grote stappen voorwaarts in hun streven naar innovatief medisch onderzoek. De sector kijkt uit naar de resultaten en mogelijke toekomstige samenwerkingen die voortkomen uit deze veelbelovende projecten.